Поздравляем!


Поздравляем наших бакалавров Кристину Петрову (рук. к.б.н. И.Р. Акбердин) и Марию Трапезникову (рук. к.б.н. И.Д. Конопацкая) с отличной защитой квалификационных работ!

ЗАЩИТА-2016

Заседания Государственной Аттестационной Комиссии по биологическому отделению ФЕН НГУ (ГАК №2) будут проходить в период с 31 мая по 3 июня 2016 г. в ауд. 404 лаб. корпуса НГУ.

Порядок защит студентов КИБ (1 июня 9-00):

Петрова Кристина Олеговна: тема «Математическое моделирование регуляторных механизмов поддержания плюрипотентности и дифференцировки эмбриональных стволовых клеток мыши», руководитель к.б.н. Илья Ринатович Акбердин, н.с. сектора компьютерного анализа и моделирования биологических систем ИЦиГ СО РАН, рецензент к.б.н. Константин Евгеньевич Орищенко, зав сектором клеточных технологий ИЦиГ;

Трапезникова Мария Сергеевна: тема «Распространение и разнообразие паразитических микроспоридий у пчел (род Apis) и шмелей (род Bombus) на территории Индии», руководитель к.б.н. Ирина Дмитриевна Конопацкая, м.н.с. лаборатории молекулярно-генетических систем ИЦиГ, рецензент к.б.н. Алексей Гавриилович Мензоров, н.с. лаборатории генетики развития ИЦиГ.

Поздравляем!

Александра Клименко получила стипендию Правительства РФ. Она первая выпускница кафедры, удостоенная именной стипендии. Поздравляем Александру и ее руководителя к.б.н. С.А. Лашина!

Лекция Дмитрия Алексеева

Интересуетесь биологией и программированием?

Приглашаем на лекцию Дмитрия Алексеева

«Программирование как метод изучения биологии»

Уже 10 лет мы анализируем большие массивы биологических данных — «омик» (протеомика, геномика, метаболомика, метагеномика, траскриптомика). При этом объем анализируемых данных и получаемой информации непрерывно увеличивается.

Использование принципов объектно-ориентированного программирования при анализе таких данных позволит решить сразу несколько актуальных в биоинформатике проблем. Будет существенно повышена интерпретируемость программного кода, упрощена работа с данными, а так же унифицирован формат самих данных, что даст возможность без труда оперировать данными исследований в различных проектах.

В лекции будут приведены примеры работ лаборатории за последние 10 лет, посвященных изучению метагенома, транскриптома и генома человека.

Лекция привлечет студентов ФЕН, ФИТ, ММФ, ФФ, МедФ, интересующихся биологией и программированием.

Алексеев Дмитрий Глебович

К.б.н., выпускник МФТИ 2007 г.

С 2005 года занимается биоинорматикой в области анализа омикс данных: протеомика, геномика, транскриптомика, метаболомика.
Руководил группой и лабораторией биоинформатики в НИИ ФХМ, автор программы «Введение в биоинформатику» в МФТИ.
С 2016 года участвует в работе лаборатории теоретической и прикладной функциональной геномики, ФЕН, НГУ. Автор более 40 научных публикаций. Основные научные интересы — сложные системы, системная биология и микробиота кишечника.

Лекция состоится 12 мая в 16:20 по адресу:
НГУ, ул. Пирогова 2, ауд. 120а (переход).

Организатор лекции — Лаборатория теоретической и прикладной функциональной геномики (ТОП-100), кафедра цитологии и генетики, ФЕН, НГУ.
Информация на сайте НГУ: http://www.nsu.ru/b0bda610553809c2f7bd457fef816553 .

МНСК 2016

18 апреля 2016 г. под председательством доцента кафедры информационной биологии ФЕН НГУ к.б.н. С.А. Лашина состоялось заседание секции биоинформатики.

Тезисы докладов можно найти по ссылке

Авторы четырех из десяти представленных работ удостоены дипломов МНСК 2016:

диплом 1й степени Петрова К.О., Новосибирский государственный университет, ИЦиГ СО РАН (Научный руководитель к.б.н. И.Р. Акбердин);
диплом 2й степени Спицина А.И., Новосибирский государственный университет, ИЦиГ СО РАН (Научный руководитель д.б.н. Ю. Л. Орлов);

дипломы 3й степени Урсул А.С., Новосибирский государственный университет (Научный руководитель А. Ю. Бакулина);
Лескова Н.Е., Новосибирский государственный университет, ИЦиГ СО РАН (Научные руководители к.б.н. И.Р. Акбердин, д.ф.-м..н. проф. С. И. Фадеев).

ПОЗДРАВЛЯЕМ ЛАУРЕАТОВ и ИХ РУКОВОДИТЕЛЕЙ!

Характеристики работ, признанных научным комитетом лучшими:

Петрова К.О.: работа посвящена математическому моделированию регуляторных механизмов поддержания плюрипотентности и дифференцировки эмбриональных стволовых клеток мыши. Построена расширенная математическая модель с учётом процессов транскрипции и трансляции основных факторов плюрипотентности (Nanog, Oct4, Dax1), а также факторов Cdx2 и Gata6, найдены области параметров, соответствующих плюрипотентному состоянию, а также переходу в трофоэктодермальный и эндодермальный пути развития. Проведён анализ роли Dax1 в индукции и увеличении эффективности получения индуцированных плюрипотентных стволовых клеток.
Спицина А.И.: работа посвящена разработке компьютерной программы ExpGene для анализа и обработки экспрессионных данных, полученных с помощью ДНК-микрочипов серии Affymetrix U133. Проанализированы уровни экспрессии и корреляции экспрессии генов в составе нескольких аннотированных в ИЦиГ СО РАН генных сетей, а также проведено исследование генов, отвечающих за агрессивное поведение на моделях лабораторных животных.
Урсул А.С.: работа посвящена моделированию фолдинга белка вителлина методом молекулярной динамики с помощью программного пакета GROMACS. Исследовались возможности адекватного моделирования фолдинга с использованием модели неявного растворителя – значительно менее вычислительно ёмкой по сравнению с моделью явного растворителя. Показано, что, модель неявного растворителя может использоваться для приближённого первичного моделирования фолдинга небольших белков.
Лескова Н.Е.: в работе проведено численное исследование предложенной ранее математической модели поддержания плюрипотентности и дифференцировки эмбриональных стволовых клеток. Представлены результаты исследования модели на основе изучения свойств стационарных решений автономной системы и их устойчивости в зависимости от параметров, определяющих интенсивность молекулярного сигнального пути. Проведённые исследования позволили определить области параметров, где из соотношения концентраций факторов плюрипотентности и дифференцировки следует стволовое состояние клетки.