Куратор курса: д.б.н. Меркулова Татьяна Ивановна
| Бакалавриат | Магистратура | |
|---|---|---|
| Аннотация рабочей программы дисциплины | Скачать | Скачать |
| Рабочая программа | Скачать | Скачать |
| Фонд оценочных средств | Скачать | Скачать |
| Трудоемкость дисциплины | 2 З.Е. (72 ч.) | |
| Форма промежуточной аттестации | зачет | |
Дисциплина предназначена для ознакомление студентов с современными достижениями в области изучения генома, транскриптома, протеома и регуляторного аппарата про- и эукариотической клетки, развитием материальной базы молекулярно-генетических технологий, совершенствованием их методологических основ, органической составляющей которых являются биоинформатические методы.
Перечень основных разделов дисциплины
Содержание дисциплины охватывает весь круг вопросов, связанных с основными достижениями в области расшифровки генома прокариот и эукариот, изучения транскриптома и протеома, исследования регуляторного аппарата эукариотической клетки, методическими подходами, обеспечивающими решение этих задач, постоянным развитием методической базы молекулярной генетики и молекулярной биологии.
Раздел 1 Методы секвенирования ДНК
Раздел 2. Базы данных
Раздел 3. Регуляторные SNPs
Раздел 4. Методы изучения транскрипции генов
Раздел 5. Исследование профилей экспрессии генов
Раздел 6. Элементы кор-промотора.
Раздел 7. Сайты связывания факторов транскрипции
Раздел 8. Методы идентификации регуляторных элементов
Раздел 9. Методы изучения отдаленных контактов
Раздел 10. Методы изучения динамики регуляторных взаимодействий
Раздел 11. Протеомика.
Раздел 12. Современные методы микроскопического анализа
Литература
Основная литература:
- Льюин Б. Гены. Бином. 2011. -896с.
- Чемерис А.В., Ахунов Э.Д., Вахитов В.А. Секвенирование ДНК. М.: Наука, 1999.- 429с.
- Carey M., Smale S.T. Transcriptional regulation in eukariotes. N-Y. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2000.-640p.
- Транскрипция и трансляция. Методы. Ред. Б.Хеймса и С.Хиггинса. М. Мир.1987.–400с.
Дополнительная литература:
- Меркулова Т.И, Ощепков Д.Ю., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Левицкий В.Г., Васильев Г.В., Климова Н.В., Меркулов В.М., Колчанов Н.А. «Экспериментальные и компьютерные подходы к изучению регуляторных элементов в эукариотических генах».// Биохимия. 2007. Т.72. С. 1459-1467.
- Kolchanov N.A., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Podkolodnaya O.A., Stepanenko I.L., Merkulova T.I., Pozdnyakov M.A., Podkolodny N.L., Naumochkin A.N., Romashchenko A.G. Transcription Regulatory Regions Database (TRRD): its status in 2002. // Nucleic Acids Res. 2002 V. 30 P. 312-317.
- Меркулова Т.И., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Колчанов Н.А. Регуляторные коды транскрипции геномов эукариот // Генетика. 2013. Т.49. № 1. С.37-54.
Перечень вопросов к зачету
1. История развития методов исследования ДНК.
2. Базы данных нуклеотидных последовательностей, белков, мутаций, SNPs, наследственных заболеваний человека.
3. Регуляторные SNPs: Классификация, функциональная значимость, методы поиска.
4. Методы изучения транскрипции генов.
5. Исследование профилей экспрессии генов с помощью массового параллельного секвенирования, биоинформатичекая обработка.
6. Методы выявления промоторов и стартов транскрипции.
7. Отдаленные регуляторные районы. Их классификация и организация.
8. Сайты связывания факторов транскрипции.
9. Методы массового анализа регуляторных районов.
10. Методы изучения отдаленных контактов.
11. Методы изучения структуры белков.
12. Современные методы микроскопического анализа
13. Каковы цели секвенирования геномов позвоночных?
14. Каковы цели секвенирования геномов прокариот?
15. Что дает секвенирование полного генома человека для биологии и медицины?
16. Для чего нужны автоматические секвенаторы?
17. Для чего необходимо изучение полиморфизма нуклеотидных последовательностей?
18. Что такое регуляторные SNP и каковы методы их выявления и анализа?
19. Какими методами изучается экспрессия индивидуальных генов?
20. Каковы преимущества изучения транскрипции генов методом Real-Time PCR?
21. Какие существуют методы массового изучения транскрипции генов?
22. Какие существуют методы идентификации стартов транскрипции генов?
23. Для чего нужны методы массового выявления сайтов связывания транскрипционных факторов?
24. Какие экспериментальные подходы используются для поиска и идентификации сайтов связывания транскрипционных факторов?
25. Какие экспериментальные подходы используются для поиска регуляторных районов генов?
26. Что дает метод иммунопреципитации хроматина?
27. Какие экспериментальные подходы используются для исследования протеома эукариотических клеток?
28. Содержание проекта ENCODE и его общебиологическое значение
Лекции 2022
| Название | Ссылка на видео |
|---|---|
| Лекция №1 Геномные исследования (к.б.н. Васильев Г.В.) | Доступ ограничен |
| Лекция №2 NGS (к.б.н. Васильев Г.В.) | Доступ ограничен |
| Лекция №3 Геномные проекты (к.б.н. Васильев Г.В.) | Доступ ограничен |
| Лекция №4 Методы исследования уровня экспрессии генов (к.б.н. Васильев Г.В.) | Доступ ограничен |
| Лекция №5 Секвенирование РНК | Доступ ограничен |
| Лекция №6 Методы изучения регуляторных районов генов. Часть 1 (Профессор, д. б. н. Меркулова Т.И.) | Доступ ограничен |
| Лекция №7 Методы изучения регуляторных районов генов. Часть 2 (Профессор, д. б. н. Меркулова Т.И.) | Доступ ограничен |
| Лекция №8 Методы изучения регуляторных районов генов. Часть 3 (Профессор, д. б. н. Меркулова Т.И.) | Доступ ограничен |
| Лекция №9 Методы исследования пространственной организации хроматина | Доступ ограничен |
| Лекция №10 Совеременные методы анализа генетических систем (к.б.н. Пельтек С.Е.) | Доступ ограничен |
| Лекция №11 Микроскопия (Профессор, д.б.н. Рубцов Н.Б.) | Доступ ограничен |
