Куратор курса: к.б.н. Левицкий Виктор Георгиевич
| Бакалавриат | Магистратура | |
|---|---|---|
| Аннотация рабочей программы дисциплины | Скачать | Скачать |
| Рабочая программа | Скачать | Скачать |
| Фонд оценочных средств | Скачать | Скачать |
| Трудоемкость дисциплины | 2 З.Е. (72 ч.) | |
| Форма промежуточной аттестации | Экзамен | |
Дисциплина предназначена для ознакомления студентов с современными представлениями об основных методах представления и анализа данных в информационной биологии.
Целью курса является подготовка молодых специалистов для работы в научно-исследовательских организациях, занимающихся решением фундаментальных биологических проблем, экологии, медицины, охраны окружающей среды и т.д. а также проблем, решаемых на стыках биологии и таких наук как математика, информатика, физика, химия. Конкретной важной задачей является освоение студентами методов анализа генетических текстов, включая прикладные программы и интернет-ресурсы и базы данных
Содержание дисциплины – информация об основных методах поиска, представления и анализа данных в информационной биологии, в том числе и о способах массового (полногеномного) анализа данных; основных методах анализа нуклеотидных и аминокислотных последовательностей, освоение студентами ряда методов стандартных средств обработки информации, включая прикладные программы поиска и анализа, интернет-ресурсы и базы данных по биоинформатической тематике.
Содержание отдельных разделов и тем
- Обзор задач биоинформатики, связанных с анализом и обработкой текстовых последовательностей. Операции с последовательностями, доступ к базам и форматы данных.
- Обзор задач биинформатики как задач компьютерного анализа генетических текстов.
- Базы данных последовательностей ДНК.
- Определение генетического текста.
- Программы анализа последовательностей ДНК, РНК и белков.
- Сравнение последовательностей. Дот-матрица для сравнения последовательностей.
- Выравнивание последовательностей с помощью динамического программирования.
- Поиск локального выравнивания последовательностей.
- Множественное выравнивание последовательностей.
- Предсказание вторичной структуры РНК.
- Установление эволюционных взаимосвязей по последовательностям.
- Поиск гомологии в базах данных.
- Методы FASTA и BLAST для поиска в базах данных.
Литература
1. Бородовский М., Екишева С. Задачи и решения по анализу биологических последовательностей. – М.: НИЦ «Регулярная и хаотическая динамика», 2008. – 440 с.
2. Игнасимуту С. Основы биоинформатики. – М.: НИЦ «Регулярная и хаотическая динамика», 2007. – 320 с.
3. Дурбин Р., Эдди Ш., Крог А., Митчисон Г. Анализ биологических последовательностей. – М.: НИЦ «Регулярная и хаотическая динамика», 2006. – 480 с.
4. Леск А. Введение в биоинформатику. – М.: Бином. Лаборатория знаний, 2009. – 318 с.
Дополнительная литература
5. Системная компьютерная биология. Под редакцией: Н.А. Колчанов, В.А. Лихошвай, С.С. Гончаров, В.А. Иванисенко, Новосибирск: Сибирское отделение Российской академии наук, 2008. — 768с
6. Сетубал Ж., Мейданис Ж. Введение в вычислительную молекулярную биологию. – М.: НИЦ «Регулярная и хаотическая динамика», 2007. – 420 с.
Лекции (2023/24)
| Название | Ссылка на видео |
|---|---|
| Лекция №1. Основные ресурсы, базы и форматы данных в биоинформатике, базы EMBL и GenBank (к.б.н. Левицкий В.Г.) | Доступ ограничен |
| Лекция №2. Обзор задач биоинформатики, связанных с анализом и обработкой текстовых последовательностей (к.б.н. Левицкий В.Г.) | Доступ ограничен |
| Лекция №4. Геномные базы данных ч.2 (к.б.н. Левицкий В.Г.) | Доступ ограничен |
| Лекция №5. Типы функциональных кодов геномной ДНК. (к.б.н. Левицкий В.Г.) | Доступ ограничен |
| Лекция №6. Статистические характеристики, используемые для сравнения точности разных методов распознавания (к.б.н. Левицкий В.Г.) | Доступ ограничен |
[Назад]