Руководитель: к.б.н., рук. ЦКП “Геномика” ИХБФМ СО РАН Кабилов Марсель Расимович
Знания и навыки, которые получит студент:
Понимание принципов метабаркодинга и таксономической классификации последовательностей. Навыки работы с референсными базами данных, основными программами таксономической идентификации и методами оценки точности классификации.
Требования и пожелания к соискателям:
Знание Python: работа с файлами, библиотеками argparse и pandas. Понимание формата FASTA и опыт работы с ним с помощью biopython или pyfastx. Желательны базовые знания bash и принципов NGS.
Краткое описание исследования:
Метабаркодинг широко используется для оценки таксономического состава микроорганизмов в почве, воде, кишечнике и других образцах. Результаты анализа зависят не только от выбранного алгоритма классификации, но и от качества референсной базы данных. В работе планируется сравнить несколько методов таксономической классификации и оценить их устойчивость к искусственно внесённым ошибкам: неверным таксономическим аннотациям, отсутствию отдельных таксонов и наличию одинаковых последовательностей с противоречивой классификацией. Результатом станет оценка влияния разных типов ошибок на точность определения таксонов и разработка рекомендаций по подготовке референсных баз.