Итоговые задания

Итоговые задания.

1. Определить, какой белковой структуре соответствует последовательность

>test
hllqfrkmik kmtgkepvvs yafygcycgs ggrgkpkdat drccfvhdcc yekvtgcdpk
wddytyswkn gtivcggddp ckkevcecdk aaaicfrdnl ktykkrymay pdilcsskse
kc

2. Для данной структуры определить разметку вторичной структуры и  долю поверхности остатков, доступную растворителю.

3. Найти последовательности  гомологичных белков (по идентификатору PDB) 1PSJ:_, 1VIP:_, 1CL5:A, 1POC:_.

4. С помощью программы  CLUSTAL выполнить множественное выравнивание тестовой последовательности и  последовательностей указанных структур, и построить их филогенетическое дерево.

5. Выполнить структурное выравнивание тестовой структуры (цепи А) и  1POC:_ с помощью программы CE.

6. Для структуры тестового белка (цепь A) произвести поиск сайтов с помощью программы PDBSiteScan. Сохранить файл с наложенными сайтами на локальном диске.