{"id":1481,"date":"2010-08-05T05:52:35","date_gmt":"2010-08-05T05:52:35","guid":{"rendered":"http:\/\/www.bionet.nsc.ru\/kib\/?page_id=1481"},"modified":"2010-08-05T05:52:35","modified_gmt":"2010-08-05T05:52:35","slug":"%d0%b2%d1%8b%d1%80%d0%b0%d0%b2%d0%bd%d0%b8%d0%b2%d0%b0%d0%bd%d0%b8%d0%b5-%d0%bf%d0%be%d1%81%d0%bb%d0%b5%d0%b4%d0%be%d0%b2%d0%b0%d1%82%d0%b5%d0%bb%d1%8c%d0%bd%d0%be%d1%81%d1%82%d0%b5%d0%b9","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/kib.nsu.ru\/?page_id=1481","title":{"rendered":"\u0412\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u0435\u0439"},"content":{"rendered":"<p><strong><span style=\"font-family: Arial\">\u041f\u0430\u0440\u043d\u043e\u0435 \u0438 \u043c\u043d\u043e\u0436\u0435\u0441\u0442\u0432\u0435\u043d\u043d\u043e\u0435 \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u0435\u0439. \u041f\u0440\u043e\u0433\u0440\u0430\u043c\u043c\u0430 CLUSTAL. \u041e\u0441\u043d\u043e\u0432\u043d\u044b\u0435 \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u044b \u0440\u0430\u0441\u0441\u0447\u0435\u0442\u043e\u0432. \u0418\u043d\u0442\u0435\u0440\u043f\u0440\u0435\u0442\u0430\u0446\u0438\u044f \u0440\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442\u043e\u0432 \u043c\u043d\u043e\u0436\u0435\u0441\u0442\u0432\u0435\u043d\u043d\u043e\u0433\u043e \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f.<\/span><\/strong><br \/>\n\u0412 \u0442\u043e \u0432\u0440\u0435\u043c\u044f \u043a\u0430\u043a \u043f\u0430\u0440\u043d\u043e\u0435 \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u0435\u0439 \u0414\u041d\u041a,\u0420\u041d\u041a \u0438\u043b\u0438 \u0431\u0435\u043b\u043a\u043e\u0432 \u043d\u0435\u043e\u0431\u0445\u043e\u0434\u0438\u043c\u043e \u0434\u043b\u044f \u0432\u044b\u044f\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f\u00a0 \u043a\u043e\u043d\u0441\u0435\u0440\u0432\u0430\u0442\u0438\u0432\u043d\u044b\u0445 \u0440\u0430\u0439\u043e\u043d\u043e\u0432 \u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u0434\u0432\u0443\u0445 \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u0435\u0439, \u0441\u0443\u0449\u0435\u0441\u0442\u0432\u0443\u044e\u0442 \u043f\u0440\u043e\u0433\u0440\u0430\u043c\u043c\u044b \u0430\u043d\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430, \u043f\u043e\u0437\u0432\u043e\u043b\u044f\u044e\u0449\u0438\u0435 \u043f\u0440\u043e\u0432\u043e\u0434\u0438\u0442\u044c \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 \u0441\u0440\u0430\u0437\u0443 \u043d\u0435\u0441\u043a\u043e\u043b\u044c\u043a\u0438\u0445 \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u0435\u0439. \u0412 \u044d\u0442\u043e\u043c \u0441\u043b\u0443\u0447\u0430\u0435 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u043e\u0431\u043d\u0430\u0440\u0443\u0436\u0438\u0432\u0430\u0442\u044c \u0443\u0447\u0430\u0441\u0442\u043a\u0438 \u043b\u043e\u043a\u0430\u043b\u044c\u043d\u043e\u0433\u043e \u0441\u0445\u043e\u0434\u0441\u0442\u0432\u0430 \u0446\u0435\u043b\u043e\u0433\u043e \u0441\u0435\u043c\u0435\u0439\u0441\u0442\u0432\u0430 \u0430\u043d\u0430\u043b\u0438\u0437\u0438\u0440\u0443\u0435\u043c\u044b\u0445 \u043c\u0430\u043a\u0440\u043e\u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b. \u041a\u043e\u043d\u0441\u0435\u0440\u0432\u0430\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u044d\u0442\u0438\u0445 \u0443\u0447\u0430\u0441\u0442\u043a\u043e\u0432 \u0441\u0432\u0438\u0434\u0435\u0442\u0435\u043b\u044c\u0441\u0442\u0432\u0443\u0435\u0442 \u043e\u0431 \u0438\u0445 \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u043e\u043d\u0430\u043b\u044c\u043d\u043e\u0439 \u0432\u0430\u0436\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 &#8212; \u043e\u043d\u0438 \u043c\u043e\u0433\u0443\u0442 \u044f\u0432\u043b\u044f\u0442\u044c\u0441\u044f\u00a0 \u044d\u043b\u0435\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430\u043c\u0438 \u0432\u0442\u043e\u0440\u0438\u0447\u043d\u043e\u0439 \u0441\u0442\u0440\u0443\u043a\u0442\u0443\u0440\u044b, \u0441\u0430\u0439\u0442\u0430\u043c\u0438 \u0441\u0432\u044f\u0437\u044b\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u043b\u0438\u0433\u0430\u043d\u0434\u043e\u0432, \u0434\u0440\u0443\u0433\u0438\u043c\u0438 \u0444\u0443\u043d\u043a\u0446\u0438\u043e\u043d\u0430\u043b\u044c\u043d\u044b\u043c\u0438 \u043c\u043e\u0442\u0438\u0432\u0430\u043c\u0438.<br \/>\n<a href=\"http:\/\/www.bionet.nsc.ru\/chair\/cib\/lectures\/2003_2_biol\/seminars\/4_seq_aln\/glob_align.htm\">\u041f\u0440\u0438\u043c\u0435\u0440 \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u0431\u0435\u043b\u043a\u043e\u0432\u044b\u0445 \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u0435\u0439 \u0441\u0435\u043c\u0435\u0439\u0441\u0442\u0432\u0430 \u0433\u043b\u043e\u0431\u0438\u043d\u043e\u0432.<\/a><br \/>\n\u0421\u0443\u0449\u0435\u0441\u0442\u0432\u0443\u0435\u0442 \u043d\u0435\u0441\u043a\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u043f\u0440\u043e\u0433\u0440\u0430\u043c\u043c \u043c\u043d\u043e\u0436\u0435\u0441\u0442\u0432\u0435\u043d\u043d\u043e\u0433\u043e \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u0435\u0439. \u041d\u0430\u0438\u0431\u043e\u043b\u0435\u0435 \u043f\u043e\u043f\u0443\u043b\u044f\u0440\u043d\u044b\u0435 \u0438\u0437 \u043d\u0438\u0445 &#8212;\u00a0<em><strong>CLUSTALW<\/strong><\/em>,\u00a0\u00a0<em><strong>MAP<\/strong><\/em> \u0438\u00a0<strong><em>Pima<\/em><\/strong>.\u00a0 \u042d\u0442\u0438 \u043f\u0440\u043e\u0433\u0440\u0430\u043c\u043c\u044b \u0434\u043e\u0441\u0442\u0443\u043f\u043d\u044b \u0447\u0435\u0440\u0435\u0437 Internet \u043d\u0430 \u0441\u0435\u0440\u0432\u0435\u0440\u0435\u00a0<a href=\"http:\/\/www.hgsc.bcm.tmc.edu\/SearchLauncher\/\">Baylor Colledge of Medicine<\/a>.<br \/>\n<span style=\"text-decoration: underline\"><strong>\u041e\u0441\u043d\u043e\u0432\u043d\u044b\u0435 \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u044b \u043f\u0440\u043e\u0433\u0440\u0430\u043c\u043c\u044b CLUSTALW.<\/strong><\/span><br \/>\n<span style=\"text-decoration: underline\"><strong>\u041f\u0440\u043e\u0433\u0440\u0430\u043c\u043c\u0430 <\/strong><\/span><span style=\"text-decoration: underline\"><strong>CLUSTALW \u0434\u043e\u0441\u0442\u0443\u043f\u043d\u0430 \u043d\u0430 \u0441\u0430\u0439\u0442\u0435 EBI (<a href=\"http:\/\/www.ebi.ac.uk\/clustalw\/index.html\">http:\/\/www.ebi.ac.uk\/clustalw\/index.html<\/a>)<\/strong><\/span><br \/>\n\u041f\u0440\u043e\u0433\u0440\u0430\u043c\u043c\u0430 CLUSTALW \u0432\u043d\u0430\u0447\u0430\u043b\u0435 \u043f\u0440\u043e\u0438\u0437\u0432\u043e\u0434\u0438\u0442 \u043f\u0430\u0440\u043d\u043e\u0435 \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 \u0430\u043d\u0430\u043b\u0438\u0437\u0438\u0440\u0443\u0435\u043c\u044b\u0445 \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u0435\u0439, \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435 \u044d\u0442\u043e\u0433\u043e \u0441\u0442\u0440\u043e\u0438\u0442 \u0438\u0445 \u0444\u0438\u043b\u043e\u0433\u0435\u043d\u0435\u0442\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u043e\u0435 \u0434\u0435\u0440\u0435\u0432\u043e (guiding tree) \u0438 \u0437\u0430\u0442\u0435\u043c \u0438\u0441\u043f\u043e\u043b\u044c\u0437\u0443\u0435\u0442 \u044d\u0442\u043e \u0434\u0435\u0440\u0435\u0432\u043e \u0434\u043b\u044f \u043f\u043e\u0441\u0442\u0440\u043e\u0435\u043d\u0438\u044f \u043c\u043d\u043e\u0436\u0435\u0441\u0442\u0432\u0435\u043d\u043d\u043e\u0433\u043e \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u0435\u0439. \u041f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u044b \u043f\u0440\u043e\u0433\u0440\u0430\u043c\u043c\u044b \u043e\u043f\u0440\u0435\u0434\u0435\u043b\u044f\u044e\u0442 \u0435\u0435 \u0440\u0430\u0431\u043e\u0442\u0443 \u043d\u0430 \u0442\u0440\u0435\u0445 \u044d\u0442\u0430\u043f\u0430\u0445 \u043f\u043e\u0441\u0442\u0440\u043e\u0435\u043d\u0438\u044f \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f.<br \/>\n1. \u0421\u0443\u043c\u043c\u0430\u0440\u043d\u0430\u044f \u0434\u043b\u0438\u043d\u0430 \u0432\u0432\u043e\u0434\u0438\u043c\u044b\u0445 \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u0435\u0439 \u043d\u0435 \u0434\u043e\u043b\u0436\u043d\u0430 \u043f\u0440\u0435\u0432\u044b\u0448\u0430\u0442\u044c 40000 \u0434\u043b\u044f WWW \u0438 60000 \u0434\u043b\u044f E-mail \u0441\u0435\u0440\u0432\u0435\u0440\u043e\u0432.<br \/>\n2. \u0414\u0430\u043d\u043d\u044b\u0435 \u0432\u0432\u043e\u0434\u044f\u0442\u0441\u044f \u0432 \u043e\u0434\u043d\u043e\u043c \u0438\u0437 7 \u0432\u043e\u0437\u043c\u043e\u0436\u043d\u044b\u0445 \u0444\u043e\u0440\u043c\u0430\u0442\u043e\u0432 (\u00a0<strong>NBRF\/PIR<\/strong>,\u00a0<strong>EMBL\/SWISSPROT<\/strong>, Pearson\u00a0<strong>(Fasta)<\/strong>, Clustal (*.aln), GCG\/MSF (Pileup), GCG9\/RSF, GDE ).<br \/>\n3. \u041f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u044b \u043f\u0430\u0440\u043d\u043e\u0433\u043e \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f.<\/p>\n<blockquote><p>\u0410. \u041c\u0435\u0434\u043b\u0435\u043d\u043d\u043e\u0435 \u043d\u043e \u0431\u043e\u043b\u0435\u0435 \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u0435\u043d\u043d\u043e\u0435 \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435:<\/p><\/blockquote>\n<blockquote>\n<ul>\n<li><span style=\"text-decoration: underline\"><em>Gap Open Penalty<\/em><\/span>: \u0448\u0442\u0440\u0430\u0444 \u043d\u0430 \u0432\u043d\u0435\u0441\u0435\u043d\u0438\u0435 \u0434\u0435\u043b\u0435\u0446\u0438\u0438 \u0432 \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435. \u0421\u043c\u044b\u0441\u043b \u044d\u0442\u043e\u0433\u043e \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u0430 \u0432 \u0441\u043b\u0435\u0434\u0443\u044e\u0449\u0435\u043c. \u0423\u043c\u0435\u043d\u044c\u0448\u0435\u043d\u0438\u0435 \u0435\u0433\u043e \u0434\u0435\u043b\u0430\u0435\u0442 \u0432\u043e\u0437\u043c\u043e\u0436\u043d\u044b\u043c \u0431\u043e\u043b\u0435\u0435 \u043b\u0435\u0433\u043a\u043e \u0432\u043d\u043e\u0441\u0438\u0442\u044c \u0432 \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 \u0440\u0430\u0437\u0440\u044b\u0432\u044b, \u043f\u0440\u0438 \u044d\u0442\u043e\u043c \u043a\u0430\u0447\u0435\u0441\u0442\u0432\u043e \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u0443\u0445\u0443\u0434\u0448\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f. \u0415\u0441\u043b\u0438 \u044d\u0442\u043e\u0442 \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440 \u0443\u0432\u0435\u043b\u0438\u0447\u0438\u0432\u0430\u0442\u044c &#8212; \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 \u0431\u0443\u0434\u0435\u0442 \u043f\u0440\u0435\u0434\u0441\u0442\u0430\u0432\u043b\u044f\u0442\u044c \u0441\u043e\u0431\u043e\u0439 \u0434\u043b\u0438\u043d\u043d\u044b\u0435 \u0443\u0447\u0430\u0441\u0442\u043a\u0438 \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u0435\u0439 \u043f\u043e\u0447\u0442\u0438 \u0431\u0435\u0437 \u0432\u0441\u0442\u0430\u0432\u043e\u043a \u0438\u043b\u0438 \u0434\u0435\u043b\u0435\u0446\u0438\u0439.<\/li>\n<li><span style=\"text-decoration: underline\"><em>Gap extension penalty<\/em><\/span>: \u0448\u0442\u0440\u0430\u0444 \u043d\u0430 \u043f\u0440\u043e\u0434\u043e\u043b\u0436\u0435\u043d\u0438\u0435 \u0434\u0435\u043b\u0435\u0446\u0438\u0438. \u042d\u0442\u043e\u0442 \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440 \u043a\u043e\u043d\u0442\u0440\u043e\u043b\u0438\u0440\u0443\u0435\u0442 \u0432\u043e\u0437\u043c\u043e\u0436\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u0432\u043d\u0435\u0441\u0435\u043d\u0438\u044f \u0434\u043b\u0438\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0432\u0441\u0442\u0430\u0432\u043e\u043a \u0438\u043b\u0438 \u0434\u0435\u043b\u0435\u0446\u0438\u0439.<\/li>\n<li><em><span style=\"text-decoration: underline\">Protein weight matrix:<\/span><\/em> \u043c\u0430\u0442\u0440\u0438\u0446\u0430 \u0441\u0440\u0430\u0432\u043d\u0435\u043d\u0438\u044f \u0430\u043c\u0438\u043d\u043e\u043a\u0438\u0441\u043b\u043e\u0442.<\/li>\n<li><em><span style=\"text-decoration: underline\">DNA weight matrix:<\/span><\/em> \u043c\u0430\u0442\u0440\u0438\u0446\u0430 \u0441\u0440\u0430\u0432\u043d\u0435\u043d\u0438\u044f \u043d\u0443\u043a\u043b\u0435\u043e\u0442\u0438\u0434\u043e\u0432.<\/li>\n<\/ul>\n<\/blockquote>\n<blockquote><p>\u0411.\u00a0 \u0411\u044b\u0441\u0442\u0440\u043e\u0435 \u043d\u043e \u043c\u0435\u043d\u0435\u0435 \u0442\u043e\u0447\u043d\u043e\u0435 \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 (\u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438 \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u044e\u0442\u0441\u044f \u0441 \u043f\u043e\u043c\u043e\u0449\u044c\u044e \u043f\u043e\u0438\u0441\u043a\u0430 \u0434\u043b\u0438\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0441\u0445\u043e\u0434\u043d\u044b\u0445 \u0443\u0447\u0430\u0441\u0442\u043a\u043e\u0432 &#171;\u043a-\u043f\u043b\u0435\u0442\u043e\u0432&#187;, \u0437\u0430\u0442\u0435\u043c \u044d\u0442\u0438 \u043d\u0430\u0438\u0431\u043e\u043b\u0435\u0435 \u0441\u0445\u043e\u0434\u043d\u044b\u0435 \u0443\u0447\u0430\u0441\u0442\u043a\u0438 \u043e\u0431\u0440\u0430\u0437\u0443\u044e\u0442 &#171;\u0431\u043b\u043e\u043a\u0438&#187; \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f):<\/p><\/blockquote>\n<blockquote>\n<ul>\n<li><span style=\"text-decoration: underline\"><em>K-TUPLE SIZE<\/em><\/span>: \u0420\u0430\u0437\u043c\u0435\u0440 \u0443\u0447\u0430\u0441\u0442\u043a\u0430 \u043c\u0430\u043a\u0441\u0438\u043c\u0430\u043b\u044c\u043d\u043e\u0433\u043e \u0441\u043e\u0432\u043f\u0430\u0434\u0435\u043d\u0438\u044f (\u043f\u043e \u0443\u043c\u043e\u043b\u0447\u0430\u043d\u0438\u044e\u00a0 = 1). \u0414\u043b\u044f\u00a0<strong><em>\u0443\u0432\u0435\u043b\u0438\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f<\/em><\/strong> <strong><em>\u0441\u043a\u043e\u0440\u043e\u0441\u0442\u0438<\/em><\/strong> \u043d\u0430\u0434\u043e\u00a0<span style=\"text-decoration: underline\"><em><strong>\u0443\u0432\u0435\u043b\u0438\u0447\u0438\u0432\u0430\u0442\u044c<\/strong><\/em><\/span> \u044d\u0442\u043e\u0442 \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440 ( max= 2 \u0434\u043b\u044f \u0431\u0435\u043b\u043a\u043e\u0432; 4 \u0434\u043b\u044f \u0414\u041d\u041a). \u0414\u043b\u044f\u00a0<em><strong>\u0443\u0432\u0435\u043b\u0438\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f \u0442\u043e\u0447\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438<\/strong><\/em> \u043d\u0430\u0434\u043e\u00a0<span style=\"text-decoration: underline\"><em><strong>\u0443\u043c\u0435\u043d\u044c\u0448\u0430\u0442\u044c<\/strong><\/em><\/span> \u044d\u0442\u043e\u0442 \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440.<\/li>\n<li><span style=\"text-decoration: underline\"><em>GAP PENALTY<\/em><\/span>: \u0448\u0442\u0440\u0430\u0444 \u043d\u0430 \u0432\u0432\u0435\u0434\u0435\u043d\u0438\u0435 \u0434\u0435\u043b\u0435\u0446\u0438\u0438. \u041f\u0440\u0430\u043a\u0442\u0438\u0447\u0435\u0441\u043a\u0438 \u043d\u0435 \u0432\u043b\u0438\u044f\u0435\u0442 \u043d\u0430 \u0441\u043a\u043e\u0440\u043e\u0441\u0442\u044c.<\/li>\n<li><span style=\"text-decoration: underline\"><em>TOP DIAGONALS:<\/em><\/span> \u0447\u0438\u0441\u043b\u043e \u043d\u0435\u043f\u0440\u0435\u0440\u044b\u0432\u043d\u043e \u0441\u043e\u0432\u043f\u0430\u0434\u0430\u044e\u0449\u0438\u0445 \u043a-\u043f\u043b\u0435\u0442\u043e\u0432 \u043d\u0430 \u0443\u0447\u0430\u0441\u0442\u043a\u0435 \u043f\u0430\u0440\u043d\u043e\u0433\u043e \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f (\u0435\u0441\u043b\u0438 \u043a=1, \u0442\u043e \u044d\u0442\u043e \u043f\u0440\u043e\u0441\u0442\u043e \u0434\u043b\u0438\u043d\u0430 \u0441\u043e\u0432\u043f\u0430\u0434\u0430\u044e\u0449\u0435\u0433\u043e \u0441\u0435\u0433\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430). \u0414\u043b\u044f \u043f\u043e\u0441\u0442\u0440\u043e\u0435\u043d\u0438\u044f \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f \u0432\u044b\u0431\u0438\u0440\u0430\u044e\u0442\u0441\u044f \u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u0441\u0435\u0433\u043c\u0435\u043d\u0442\u044b, \u043f\u0440\u0435\u0432\u044b\u0448\u0430\u044e\u0449\u0438\u0435 \u044d\u0442\u043e \u043f\u043e\u0440\u043e\u0433.\u00a0 \u0414\u043b\u044f\u00a0<strong><em>\u0443\u0432\u0435\u043b\u0438\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f<\/em><\/strong> <strong><em>\u0441\u043a\u043e\u0440\u043e\u0441\u0442\u0438<\/em><\/strong> \u043d\u0430\u0434\u043e\u00a0<span style=\"text-decoration: underline\"><em><strong>\u0443\u043c\u0435\u043d\u044c\u0448\u0430\u0442\u044c<\/strong><\/em><\/span> \u044d\u0442\u043e\u0442 \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440, \u0434\u043b\u044f\u00a0<strong><em>\u0443\u0432\u0435\u043b\u0438\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f<\/em><\/strong><em><strong>\u0442\u043e\u0447\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438<\/strong><\/em> \u043d\u0430\u0434\u043e\u00a0<span style=\"text-decoration: underline\"><em><strong>\u0443\u0432\u0435\u043b\u0438\u0447\u0438\u0432\u0430\u0442\u044c<\/strong><\/em><\/span> \u044d\u0442\u043e\u0442 \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440.<\/li>\n<li><span style=\"text-decoration: underline\"><em>WINDOW SIZE:<\/em><\/span> \u0434\u043b\u0438\u043d\u0430 \u0441\u0435\u0433\u043c\u0435\u043d\u0442\u0430, \u0432\u043a\u043b\u044e\u0447\u0430\u044e\u0449\u0435\u0433\u043e &#171;\u043d\u0430\u0438\u0434\u0443\u0447\u0448\u0438\u0439 \u0432\u044b\u0440\u043e\u0432\u043d\u0435\u043d\u043d\u044b\u0439 \u0441\u0435\u0433\u043c\u0435\u043d\u0442 (\u0441\u043c. \u043f\u0440\u0435\u0434\u044b\u0434\u0443\u0449\u0438\u0439 \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440). \u00a0 \u0414\u043b\u044f\u00a0<strong><em>\u0443\u0432\u0435\u043b\u0438\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f<\/em><\/strong> <strong><em>\u0441\u043a\u043e\u0440\u043e\u0441\u0442\u0438<\/em><\/strong> \u043d\u0430\u0434\u043e\u00a0<span style=\"text-decoration: underline\"><em><strong>\u0443\u043c\u0435\u043d\u044c\u0448\u0430\u0442\u044c<\/strong><\/em><\/span> \u044d\u0442\u043e\u0442 \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440, \u0434\u043b\u044f\u00a0<strong><em>\u0443\u0432\u0435\u043b\u0438\u0447\u0435\u043d\u0438\u044f<\/em><\/strong> <em><strong>\u0442\u043e\u0447\u043d\u043e\u0441\u0442\u0438<\/strong><\/em> \u043d\u0430\u0434\u043e\u00a0<span style=\"text-decoration: underline\"><em><strong>\u0443\u0432\u0435\u043b\u0438\u0447\u0438\u0432\u0430\u0442\u044c<\/strong><\/em><\/span> \u044d\u0442\u043e\u0442 \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440.<\/li>\n<\/ul>\n<\/blockquote>\n<p>4. \u041f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u044b \u043c\u043d\u043e\u0436\u0435\u0441\u0442\u0432\u0435\u043d\u043d\u043e\u0433\u043e \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f.<\/p>\n<blockquote>\n<ul>\n<li><span style=\"text-decoration: underline\"><em>GAP PENALTIES<\/em><\/span> &#8212; \u0443\u0441\u0442\u0430\u043d\u0430\u0432\u043b\u0438\u0432\u0430\u044e\u0442\u0441\u044f \u043a\u0430\u043a \u0432 \u043f\u0430\u0440\u043d\u043e\u043c \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u0438.<\/li>\n<li><span style=\"text-decoration: underline\"><em>DELAY DIVERGENT SEQUENCES<\/em><\/span> &#8212; \u043f\u043e\u0437\u0432\u043e\u043b\u044f\u0435\u0442 \u043a\u043e\u043d\u0442\u0440\u043e\u043b\u0438\u0440\u043e\u0432\u0430\u0442\u044c \u0432\u043d\u0430\u0447\u0430\u043b\u0435 \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 \u0431\u043e\u043b\u0435\u0435 \u0441\u0445\u043e\u0434\u043d\u044b\u0445 \u0430 \u0437\u0430\u0442\u0435\u043c \u0431\u043e\u043b\u0435\u0435 \u0440\u0430\u0437\u043b\u0438\u0447\u0430\u044e\u0449\u0438\u0445\u0441\u044f \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u0435\u0439.<\/li>\n<li><span style=\"text-decoration: underline\"><em>TRANSITION WEIGHT<\/em><\/span> &#8212; \u043f\u0440\u0438\u0441\u0432\u0430\u0438\u0432\u0430\u0435\u0442 \u0432\u0435\u0441 \u0442\u0440\u0430\u043d\u0437\u0438\u0446\u0438\u044f\u043c (A &lt;&#8212;&gt; G \u0438\u043b\u0438 C &lt;&#8212;&gt; T\u00a0 \u0442.\u0435. \u0437\u0430\u043c\u0435\u043d\u043d\u044b \u043f\u0443\u0440\u0438\u043d-\u043f\u0443\u0440\u0438\u043d \u0438 \u043f\u0440\u0438\u043c\u0438\u0434\u0438\u043d-\u043f\u0438\u0440\u0438\u043c\u0438\u0434\u0438\u043d) \u0432\u0435\u0441 \u043c\u0435\u0436\u0434\u0443 0 \u0438 1. \u0415\u0441\u043b\u0438 \u0432\u0435\u0441 \u0440\u0430\u0432\u0435\u043d 0, \u0442\u043e \u0442\u0440\u0430\u043d\u0437\u0438\u0446\u0438\u044f \u0440\u0430\u0441\u0441\u043c\u0430\u0442\u0440\u0438\u0432\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u043a\u0430\u043a \u043d\u0435\u0441\u043e\u0432\u043f\u0430\u0434\u0435\u043d\u0438\u0435. \u0415\u0441\u043b\u0438 \u0432\u0435\u0441 \u0440\u0430\u0432\u0435\u043d 1, \u0442\u043e \u0442\u0440\u0430\u043d\u0437\u0438\u0446\u0438\u044f \u0440\u0430\u0441\u0441\u043c\u0430\u0442\u0440\u0438\u0432\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u043a\u0430\u043a \u0441\u043e\u0432\u043f\u0430\u0434\u0435\u043d\u0438\u0435 (\u0430\u043b\u0444\u0430\u0432\u0438\u0442 \u0438\u0437 4-\u0431\u0443\u043a\u0432\u0435\u043d\u043d\u043e\u0433\u043e \u0432\u044b\u0440\u043e\u0436\u0434\u0430\u0435\u0442\u0441\u044f \u0432 \u0434\u0432\u0443\u0445\u0431\u0443\u043a\u0432\u0435\u043d\u043d\u044b\u0439 \u043f\u0443\u0440\u0438\u043d-\u043f\u0438\u0440\u0438\u043c\u0438\u0434\u0438\u043d). \u00a0 \u0414\u043b\u044f \u0443\u0434\u0430\u043b\u0435\u043d\u043d\u044b\u0445 \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u0434\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u0435\u0439 \u044d\u0442\u043e\u0442 \u0432\u0435\u0441 \u0434\u043e\u043b\u0436\u0435\u043d \u0431\u044b\u0442\u044c \u0431\u043b\u0438\u0437\u043e\u043a \u043a 0, \u0434\u043b\u044f \u0431\u043b\u0438\u0437\u043a\u043e\u0440\u043e\u0434\u0441\u0442\u0432\u0435\u043d\u043d\u044b\u0445 \u043f\u043e\u043b\u0435\u0437\u043d\u043e \u0438\u043d\u043e\u0433\u0434\u0430 \u0441\u0434\u0435\u043b\u0430\u0442\u044c \u0435\u0433\u043e \u0431\u043b\u0438\u0437\u043a\u0438\u043c \u043a 1.<\/li>\n<li><span style=\"text-decoration: underline\"><em>DNA WEIGHT MATRIX<\/em><\/span> &#8212; \u0432\u044b\u0431\u043e\u0440 \u043c\u0430\u0442\u0440\u0438\u0446\u044b \u0441\u0440\u0430\u0432\u043d\u0435\u043d\u0438\u044f \u043d\u0443\u043a\u043b\u0435\u043e\u0442\u0438\u0434\u043e\u0432.<\/li>\n<\/ul>\n<\/blockquote>\n<p>\u0424\u0430\u0439\u043b \u0441 \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u044f\u043c\u0438 \u043f\u0440\u043e\u0442\u0435\u0438\u043d-\u043a\u0438\u043d\u0430\u0437 (<a href=\"http:\/\/www.bionet.nsc.ru\/chair\/cib\/lectures\/2003_2_biol\/seminars\/4_seq_aln\/1atp.seq\">1atp.seq<\/a>).<br \/>\n\u0424\u0430\u0439\u043b \u0441 \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u044f\u043c\u0438 \u0433\u043e\u043c\u0435\u043e\u0434\u043e\u043c\u0435\u043d\u043e\u0432 (<a href=\"http:\/\/www.bionet.nsc.ru\/chair\/cib\/lectures\/2003_2_biol\/seminars\/4_seq_aln\/homeo.seq\">homeo.seq<\/a>).<br \/>\n<span style=\"font-size: medium\"><strong>\u041f\u0440\u043e\u0433\u0440\u0430\u043c\u043c\u0430 JalView \u0434\u043b\u044f \u0432\u0438\u0437\u0443\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430\u0446\u0438\u0438 \u043c\u043d\u043e\u0436\u0435\u0441\u0442\u0432\u0435\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u0439. <\/strong><\/span><br \/>\n<a href=\"http:\/\/www.jalview.org\/\">http:\/\/www.jalview.org\/<\/a><br \/>\n<span style=\"font-size: medium\"><strong>\u0411\u0430\u0437\u044b \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 \u043c\u043d\u043e\u0436\u0435\u0441\u0442\u0432\u0435\u043d\u043d\u044b\u0445 \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u0439. <\/strong><\/span><br \/>\n\u0411\u0430\u0437\u0430 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 Pfam (<a href=\"http:\/\/www.sanger.ac.uk\/Software\/Pfam\/\">http:\/\/www.sanger.ac.uk\/Software\/Pfam\/<\/a>)<br \/>\n\u0411\u0430\u0437\u0430 \u0434\u0430\u043d\u043d\u044b\u0445 HSSP (<a href=\"http:\/\/www.cmbi.kun.nl\/gv\/hssp\/\">http:\/\/www.cmbi.kun.nl\/gv\/hssp\/<\/a>), \u0434\u043e\u0441\u0442\u0443\u043f \u0443\u0434\u043e\u0431\u0435\u043d \u0447\u0435\u0440\u0435\u0437 srs3D (<a href=\"http:\/\/srs3d.ebi.ac.uk\/\">http:\/\/srs3d.ebi.ac.uk\/<\/a>,\u00a0<a href=\"http:\/\/srs3d.ebi.ac.uk\/srs6bin\/cgi-bin\/wgetz?-page+LibInfo+-id+uuCM1NNfns+-lib+HSSP\">http:\/\/srs3d.ebi.ac.uk\/srs6bin\/cgi-bin\/wgetz?-page+LibInfo+-id+uuCM1NNfns+-lib+HSSP<\/a>)<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>\u041f\u0430\u0440\u043d\u043e\u0435 \u0438 \u043c\u043d\u043e\u0436\u0435\u0441\u0442\u0432\u0435\u043d\u043d\u043e\u0435 \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u0435\u0439. \u041f\u0440\u043e\u0433\u0440\u0430\u043c\u043c\u0430 CLUSTAL. \u041e\u0441\u043d\u043e\u0432\u043d\u044b\u0435 \u043f\u0430\u0440\u0430\u043c\u0435\u0442\u0440\u044b \u0440\u0430\u0441\u0441\u0447\u0435\u0442\u043e\u0432. \u0418\u043d\u0442\u0435\u0440\u043f\u0440\u0435\u0442\u0430\u0446\u0438\u044f \u0440\u0435\u0437\u0443\u043b\u044c\u0442\u0430\u0442\u043e\u0432 \u043c\u043d\u043e\u0436\u0435\u0441\u0442\u0432\u0435\u043d\u043d\u043e\u0433\u043e \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u044f. \u0412 \u0442\u043e \u0432\u0440\u0435\u043c\u044f \u043a\u0430\u043a \u043f\u0430\u0440\u043d\u043e\u0435 \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u0435\u0439 \u0414\u041d\u041a,\u0420\u041d\u041a \u0438\u043b\u0438 \u0431\u0435\u043b\u043a\u043e\u0432 \u043d\u0435\u043e\u0431\u0445\u043e\u0434\u0438\u043c\u043e \u0434\u043b\u044f \u0432\u044b\u044f\u0432\u043b\u0435\u043d\u0438\u044f\u00a0 \u043a\u043e\u043d\u0441\u0435\u0440\u0432\u0430\u0442\u0438\u0432\u043d\u044b\u0445 \u0440\u0430\u0439\u043e\u043d\u043e\u0432 \u0442\u043e\u043b\u044c\u043a\u043e \u0434\u0432\u0443\u0445 \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u0435\u0439, \u0441\u0443\u0449\u0435\u0441\u0442\u0432\u0443\u044e\u0442 \u043f\u0440\u043e\u0433\u0440\u0430\u043c\u043c\u044b \u0430\u043d\u0430\u043b\u0438\u0437\u0430, \u043f\u043e\u0437\u0432\u043e\u043b\u044f\u044e\u0449\u0438\u0435 \u043f\u0440\u043e\u0432\u043e\u0434\u0438\u0442\u044c \u0432\u044b\u0440\u0430\u0432\u043d\u0438\u0432\u0430\u043d\u0438\u0435 \u0441\u0440\u0430\u0437\u0443 \u043d\u0435\u0441\u043a\u043e\u043b\u044c\u043a\u0438\u0445 \u043f\u043e\u0441\u043b\u0435\u0434\u043e\u0432\u0430\u0442\u0435\u043b\u044c\u043d\u043e\u0441\u0442\u0435\u0439. \u0412 \u044d\u0442\u043e\u043c \u0441\u043b\u0443\u0447\u0430\u0435 \u043c\u043e\u0436\u043d\u043e \u043e\u0431\u043d\u0430\u0440\u0443\u0436\u0438\u0432\u0430\u0442\u044c \u0443\u0447\u0430\u0441\u0442\u043a\u0438 \u043b\u043e\u043a\u0430\u043b\u044c\u043d\u043e\u0433\u043e \u0441\u0445\u043e\u0434\u0441\u0442\u0432\u0430 \u0446\u0435\u043b\u043e\u0433\u043e \u0441\u0435\u043c\u0435\u0439\u0441\u0442\u0432\u0430 \u0430\u043d\u0430\u043b\u0438\u0437\u0438\u0440\u0443\u0435\u043c\u044b\u0445 \u043c\u0430\u043a\u0440\u043e\u043c\u043e\u043b\u0435\u043a\u0443\u043b. \u041a\u043e\u043d\u0441\u0435\u0440\u0432\u0430\u0442\u0438\u0432\u043d\u043e\u0441\u0442\u044c \u044d\u0442\u0438\u0445 [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":4,"featured_media":0,"parent":555,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/kib.nsu.ru\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages\/1481"}],"collection":[{"href":"https:\/\/kib.nsu.ru\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/kib.nsu.ru\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/kib.nsu.ru\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/4"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/kib.nsu.ru\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=1481"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/kib.nsu.ru\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages\/1481\/revisions"}],"up":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/kib.nsu.ru\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages\/555"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/kib.nsu.ru\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=1481"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}