Многомерный анализ биологических данных



Курс читает: д.б.н. Ефимов Вадим Михайлович

Бакалавриат Магистратура
Рабочая программа Скачать Скачать
Фонд оценочных средств Скачать Скачать
Трудоемкость дисциплины 3 З.Е. (108 ч.)
Форма промежуточной аттестации Экзамен

Литература

1. Рокицкий П.Ф. Биологическая статистика. Минск: Высшая школа. 1973.
2. Глотов Н.В. и др. Биометрия. Ленинглад: ЛГУ. 1982.
3. Васильева Л.А. Биологиеская статистика. Новосибирск: ИЦиГ СО РАН. 2004.
4. Васильева Л.А. Статистические методы в биологии, медицине и сельском хозяйстве. Новосибирск: ИЦиГ СО РАН. 2007.

Дополнительная литература
5. Шеффе Н. Дисперсионный анализ. М: Физматгиз 1963.
6. Урбах В.Ю. Биометрические методы. М: Физматгиз.1964.
7. Ван дер Варден. Математическая статистика. М: ИЛ. 1960.
8. Снедекор Дж.У. Статистические методы в приложении к исследованиям в сельском хозяйстве и биологии. М: Сельхозиздат. 1961.

Темы для текущего контроля

1. Пакет PAST. Построение графиков. Вычисление статистических параметров. Вычисление достоверности разности средних. Стандартизация признаков.
2. Пакет PAST. Корреляция признаков. Главные компоненты. Евклидовы расстояния. Кластерный анализ. Неметрическое шкалирование.
3. Пакет R. Построение графиков. Вычисление статистических параметров. Стандартизация признаков. Корреляция признаков. Главные компоненты. Пакет JACOBI-4. Евклидовы расстояния. Кластерный анализ. Неметрическое шкалирование.

Вопросы для экзамена

Вопрос 1. Необходимость многомерной обработки биологических данных
Вопрос 2. Геометрический подход: анализ расположения объектов в многомерном пространстве и направлений их изменчивости через корреляции с признаками.
Вопрос 3. История и современное состояние многомерной обработки биологических данных.
Вопрос 4. Основные методы анализа биологических данных: главные компоненты (факторный анализ), множественная регрессия, дискриминантный анализ, канонический анализ, многомерное шкалирование, PLS-методы.
Вопрос 5. Многомерный анализ как средство поиска биологического смысла при анализе изменчивости биологических объектов.
Вопрос 6. Объекты. Признаки — свойства объектов, позволяющие отличать их друг от друга и измерять расстояние между ними. Типы признаков.
Вопрос 7. Скаляры, вектора. матрицы.
Вопрос 8. Методы работы с матрицами.
Вопрос 9. Метод главных компонент.
Вопрос 10. t-критерий. Дискриминантный анализ.
Вопрос 11. PLS- регрессия.
Вопрос 12. Неевклидовы расстояния и меры сходства-различия. Многомерное шкалирование.
Вопрос 13. Теорема Такенса.
Вопрос 14. Фазовые портреты.
Вопрос 15. Гладкие и главные компоненты временных рядов. Методы прогноза временных рядов.
Вопрос 16. Проблема коллинеарности. Регрессия на главные компоненты

Лекции (2022/23)

Название Ссылка на видео
Лекция №1 Главные компоненты Доступ ограничен
Лекция №2 Евклидовы расстояния Доступ ограничен
Лекция 4 Многомерное шкалирование Доступ ограничен
Лекция 5 Корреляция. Регрессия Доступ ограничен
Лекция 7. Главные компоненты для временных рядов и последовательностей Доступ ограничен
Лекция 7. Главные компоненты для временных рядов и последовательностей Доступ ограничен
Лекция 8. Бутстреп Доступ ограничен
Scroll to top