Расчет и анализ структурных характеристик белков

Структурные характеристики белка это параметры, отражающие свойства его пространственной структуры.

Для остатков обычно определяют такие важные структурные характеристики как тип вторичной структуры, доступность остатка растворителю, конформационные параметры (значения длин связей, валентных углов, двугранных углов), участие в специфических взаимодействиях (водородные, дисульфидные связи, солевые мостики), взаимодействие с лигандами или атомами ДНК и других полипептидных цепей (межсубъединичные контакты).

В Интернет существует ряд программ для расчета этих и подобных структурных характеристик, существуют базы данных, которые содержат такую информацию.

Программа и база данных DSSP.

Программа DSSP была разработана Kabsch & Sander (Kabsch,W. and Sander,C. (1983) Biopolymers 22, 2577-2637 ) для расчета вторичной структуры белков по координатам атомов. В основе определения типа вторичной структуры  лежит наличие водородных связей между  NH и CO группами основной цепи остатков. По паттернам  этих связей определялись следующие типы вторичных структур:
H = альфа-спираль
B = остаток в изолированном  бета-мостике
E = бета-нить в составе  бета-слоя
G = 3-спираль (3/10 впираль)
I = 5-спираль (пи-спираль)
T = поворот, связанный водородной связью
S = изгиб
Программа так же позволяет рассчитывать долю поверхности остатка, доступную растворителю.

Сайт программы DSSP (http://www.cmbi.kun.nl/gv/dssp/) содержит дистрибутив программы, файлы помощи, а так  же  статью, в  которой описан алгоритм DSSP.

На основе этой программы  создана база данных, которая содержит файлы результатов расчета структурных параметров для записей из базы PDB. Эта база данных в частности доступна через систему SRS3D на сайте Европейского Института Биоинформатики.