Программы визуализации пространственных структур макромолекул

Программа Rasmol.

Программа Rasmol является одной из наиболее популярных и доступных. Официальный сайт (http://www.umass.edu/microbio/rasmol/index2.htm) содержит информацию о правилах работы с программой, дистрибутивы последних версий.
Программа функционирует в  режиме двух окон — графического и текстового. В графическом окне происходит визуализация структур макромолекул, в  текстовое окно вводится управляющая информация, которая позволяет изменять масштаб рисунка, цвет, представление молекул, выделять группы атомов, остатков, белковых цепей. Управляющие данные вводятся в виде текстовых команд, описание которых приведено на странице помощи.
Популярность этой программы и доступность ее  кодов привела к  тому, что на ее основе разработаны новые более функциональные средства визуализации структур (OpenRasmol,ProteinExplorer).

Ниже на рисунке представлены два окна  при работе с программой Rasmol. (1) — графичесоке окно (2) — текстовое командное окно.

Программа ViewerLite.

Данная программа имеет полноценный Windows интерфейс, управление режимом отображения осуществляется полностью на основе оконного интерфейса. Данная программа имеет более совершенную графику при отрисовке макромолекул. Одной из удобных особенностей является наличие иерархического окна, которое отображает структуру макромолекул в виде иерархических списков атомов, остатков, цепей, гетероатомов.

На рисунке ниже приведен вид программы Viewer Lite (1) — главное окно визуализации; (2) — иерархическое окно структуры; (3) панель инструментов визуализации  и  главное меню.