Базы данных по пространственным структурам генетических макромолекул

База данных PDB и поиск в  ней белковых структур.

Официальным репозиторием для пространственных структур белков, РНК и ДНК является банк данных PDB.
Сайт PDB: http://www.rcsb.org/pdb/.
На этом сайте содержится вся официальная информация о формате данных, обновлениях данных, а  так же прочая информация о PDB.
На данном сайте существует поисковая система, которая позволяет проводить поиск структур белков по их идентификаторам или по ключевым словам.

Пример результата поиска по идентификатору PDB 1atp.
Страница поиска позволяет перейти к программе Structure Explorer (пример) и получить информацию об особенностях данной структуры.

Поиск в банке данных PDB можно осуществлять по аминокислотной последовательности.
Для этого можно использовать программу protein BLAST (blastp) и в качестве поисковой базы данных (параметр Choose database)
выбрать PDB. Программа BLAST для  поиска по базе данных PDB так же установлена на Молекулярно-генетическом сервере Интситута Цитологии и Генетики  (http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/systems/fastprot/blast.html). Для поиска необходимо выбрать соответствующую базу данных (PDB amino acid/nucleotide sequences).

Информацию по структурам белков можно искать по информации в записях PDB аннотированных в базе данных EnPDB, для поиска используется интерфейс SRS. Данная система позволяет формировать сложные запросы с учетом числа вторичных структур, ключевым словам, наличию гетероатомов, ДНК и т.п.

Аналогичными возможностями обладает система поиска SRS3D на сайте Европейского Института Биоинформатики.

База данных NDB.

В базе данных NDB содержатся данные по структурам ДНК и  ДНК-белковых комплексов. Часть записей пересекаются записями из PDB (в основном информация по структурам ДНК-белковых комплексов).  Интерфейс позволяет проводить поиск по идентификатору записи, ключевым словам. Система расширенного поиска позволяет выполнять сложные запросы.