18 апреля 2016 г. под председательством доцента кафедры информационной биологии ФЕН НГУ к.б.н. С.А. Лашина состоялось заседание секции биоинформатики.

Тезисы докладов можно найти по ссылке

Авторы четырех из десяти представленных работ удостоены дипломов МНСК 2016:

диплом 1й степени Петрова К.О., Новосибирский государственный университет, ИЦиГ СО РАН (Научный руководитель к.б.н. И.Р. Акбердин);
диплом 2й степени Спицина А.И., Новосибирский государственный университет, ИЦиГ СО РАН (Научный руководитель д.б.н. Ю. Л. Орлов);

дипломы 3й степени Урсул А.С., Новосибирский государственный университет (Научный руководитель А. Ю. Бакулина);
Лескова Н.Е., Новосибирский государственный университет, ИЦиГ СО РАН (Научные руководители к.б.н. И.Р. Акбердин, д.ф.-м..н. проф. С. И. Фадеев).

ПОЗДРАВЛЯЕМ ЛАУРЕАТОВ и ИХ РУКОВОДИТЕЛЕЙ!

Характеристики работ, признанных научным комитетом лучшими:

Петрова К.О.: работа посвящена математическому моделированию регуляторных механизмов поддержания плюрипотентности и дифференцировки эмбриональных стволовых клеток мыши. Построена расширенная математическая модель с учётом процессов транскрипции и трансляции основных факторов плюрипотентности (Nanog, Oct4, Dax1), а также факторов Cdx2 и Gata6, найдены области параметров, соответствующих плюрипотентному состоянию, а также переходу в трофоэктодермальный и эндодермальный пути развития. Проведён анализ роли Dax1 в индукции и увеличении эффективности получения индуцированных плюрипотентных стволовых клеток.
Спицина А.И.: работа посвящена разработке компьютерной программы ExpGene для анализа и обработки экспрессионных данных, полученных с помощью ДНК-микрочипов серии Affymetrix U133. Проанализированы уровни экспрессии и корреляции экспрессии генов в составе нескольких аннотированных в ИЦиГ СО РАН генных сетей, а также проведено исследование генов, отвечающих за агрессивное поведение на моделях лабораторных животных.
Урсул А.С.: работа посвящена моделированию фолдинга белка вителлина методом молекулярной динамики с помощью программного пакета GROMACS. Исследовались возможности адекватного моделирования фолдинга с использованием модели неявного растворителя – значительно менее вычислительно ёмкой по сравнению с моделью явного растворителя. Показано, что, модель неявного растворителя может использоваться для приближённого первичного моделирования фолдинга небольших белков.
Лескова Н.Е.: в работе проведено численное исследование предложенной ранее математической модели поддержания плюрипотентности и дифференцировки эмбриональных стволовых клеток. Представлены результаты исследования модели на основе изучения свойств стационарных решений автономной системы и их устойчивости в зависимости от параметров, определяющих интенсивность молекулярного сигнального пути. Проведённые исследования позволили определить области параметров, где из соотношения концентраций факторов плюрипотентности и дифференцировки следует стволовое состояние клетки.